Два умных агента ФБР Дана Скалли и Фокс Малдер объединяются в работе над секретным проектом. Его рабочее название «Секретные материалы», а включает он в себя все происшествия, которые невозможно объяснить с научной точки зрения. Скалли - настоящий ученый: она занимается научной деятельностью. Малдер свято верит, что все мистические существа живут в нашем мире, а наука не в силах пока объяснить их природу возникновения. Сначала у двух людей, с различными представлениями происходящего, не очень получалось работать слажено и дружно. Однако вскоре эта пара агентов стала прекрасно понимать друг друга, Скалли уверенной рукой проводит вскрытия и дает научные комментарии, Малдер пытается найти необъяснимые случаи и паранормальные явления. Их работа приносит немало интересного материала, только вот не все порой заканчивается благополучно...